Церковь в с. Бараит была заложена 4 августа 1830 г. по грамоте иркутского архиепископа Мелетия, взамен деревянной одноименной церкви, срубленной в 1780-81 гг. Строительство церкви по проекту не установленного архитектора началось в 1832 году под руководством подрядчика Антонова. Первыми выборными строителями были крестьяне Анашкин и Полежаев; с 1834 года были выбраны новые строители – крестьяне Е. Прокушев и А.Белянин. В апреле 1839 г. архиепископом иркутским Михаилом был утвержден новый проект церкви, выполненный енисейским губернским архитектором Д. А. Маковецким. Проект иконостаса был разработан помощником енисейского губернского архитектора П. А. Шаровым. Резные и иконописные работы выполняли красноярские мещане Я. Ростовых и С. Белозеров. Освящение церкви состоялось в феврале 1841 г. В 1845-53 гг. церковь была расширена пристройкой южного теплого придела Казанской богоматери и обнесена оградой. Проект придела и ограды составил П. А. Шаров. Проект иконостаса разработал енисейский губернский архитектор Я. И. Алфеев. Строительством придельного храма руководил подрядчик Л. Андронов. Резные и иконописные работы выполняли енисейские мещане М. С. Попов и И. С. Бутусин. Придел освящен в сентябре 1853 г.
Первый Енисейский Епископ Никодим, побывавший в ней в 1863 году 19 века, пишет в своём дневнике: «Приехали в село Бараит. Это уже Минусинский округ. Церковь каменная настоящая Троица. Золотой иконостас. Направо – тёплый придел Казанской Божией матери…».
К церкви в начале прошлого века было приписано 3 700 прихожан из населённых пунктов: Карелина, Светлолобово, Больше-Имышенская, Мало-Имышенская, Кузурбинская, Парилова, Камчатская. По числу приписанных имений и прихожан она стояла на первом месте в Новосёловской волости. В праздники тесно было от подвод прихожан на церковной площади. Особенно в осеннюю свободную пору (когда основные крестьянские работы были закончены) – обилие кошёвок, украшенных коврами, и добротных лошадей в красивой сбруе. Съезжались крестьяне со всей округи.